對食品而言，生產只是一步。無論如何，總還是有一些生命力非常頑強的細菌能夠頂住滅菌過程的“嚴打”而潛伏下來。在玉米烤腸加熱之后的包裝運輸和保存過程中，細菌也還有機會偷偷地潛入火腿腸中。一旦壞境適合，就開始繁衍生息。所以，人們對細菌的戰斗不得不延續到吃進肚子之前。完好有效的包裝可以防止外部的細菌侵入。防腐劑能殺死細菌，對于人體自然也可能有潛在的危害如果要生產高溫殺菌火腿腸的話，一般玉米烤腸制作流程為原料肉處理、腌制、斬拌、充填、殺菌、冷卻。

  原料肉的預處理與腌制與其他成型火腿相同，將腌制好的玉米烤腸原料肉在真空斬拌機中進行斬拌、乳化，同時加入香辛料、淀粉等其他輔料，并加入一定量的冰屑，注意冰屑加入量需計算，如果加冰過多的話，成品容易發黏，缺乏彈性及硬度，加冰過少，肉餡黏度過高，空氣排除不，成品中形成空洞。灌裝結扎是通過灌裝結扎機把斬拌好的肉餡充填于薄膜袋內。現在大多玉米烤腸是采用高壓蒸汽滅菌法，滅菌鍋內溫度l20℃，殺菌時間，高壓滅菌后移入周轉箱，在干燥間用鼓風機盡快使玉米烤腸體表面水分干燥，以防兩端結扎處因殘存水分引起雜菌污染，出現霉變。

  同時還要檢出彎曲、變形或破裂的不合格的玉米烤腸，干燥后要及時粘貼商標，裝入成品箱，儲藏在5-20℃的成品庫中。